Внимание! Данная проблема обходится после установки патча к Maya 5.01 путем установления галки в Render Global Settings->Enable Semi-transparent Shadows(влючено по умолчанию). Но все же рекомендую читать далее, чтобы понять как работает Ментал и природу самой проблемы.

Дело в том, что в Ментале напрямую, тень на основе прозрачного объекта не возможна.
И тень он всегда генерит на основе геометрии, а не прозрачности.
Для формирования полупрозрачных теней существует специальные шейдеры Shadow shader.
При конвертации майского шейдера с прозрачностью ментал сам прикручивает к нему shadow shader.
А при включенном GI Ментал отключает все shadow shader'ы, получаемые при конвертации, для получения физически корректной полупрозрачной тени на основе каустики и тп.

Решается проблема так.

Если у вас на прозрачности лежит текстура. Надо приконектить текстуру на transparency канал через Mib_shadow_transparency.
Тоесть берем текстуру и конектим ее на Transp Mib_shadow_transparency.
А Out_color Mib_shadow_transparency нода на transparency канал материала.

Если у вас просто полупрозрачный шейдер.
Надо приконектить Mib_shadow_transparency на transparency.
Тоесть берем Out_color Mib_shadow_transparency нода и конектим ее на transparency канал материала.

Теперь тень рендерится нормально.

Свои вопросы, предложения и пожелания прошу на puppet@rambler.ru
Удачи!
Ваш Puppet.